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Die Flora von Shipstern Naturschutzreservat ist in vielerlei Hinsicht einzigartig für Belize. Es ist das einzige Gebiet im Land mit den für die Yukatan Halbinsel typischen saisonalen und trockenen Wädern. Im Reservat existieren mehr als zehn unterschiedliche Vegetationstypen mit einigen Dutzend bisher identifizeirten Baumarten. Der trockene Küstenwald mit Seeräuber-Palme kommt in Belize auf dem Festland nur in Shipstern vor. Es handelt sich um einen seltenen Vegetationstyp der Yukatan Halbinsel, welcher nur in drei Küstengebieten zwischen Cancun (Mexiko) und Belize vorkommt und zurzeit stark rückgängig ist, wegen der Tourismusentwicklung entlang der Halbinsel.
Im Jahre 1955 wurde der Wald von Shipstern durch den Wirbelsturm Janet vollständig zerstört und erholt sich seither ohne grössere Störungen. Einige Baumarten finden nur noch im Reservat Schutz vor der landesweiten legalen und illegalen Abholzung, so zum Beispiel der Mahagoni und die spanische Zeder.
Nebst der seltenen Seeräuber-Palme kommen einige erstaunliche Arten in den trockeren Gebieten der Reservats vor, so zum Beispiel der Weissgummibaum und der Yukatan-Elefantenfuss
Ein weitläufiger botanischer Pfad wurde 1990 ausgelegt, welcher mittlerweile nahezu 100 Baumarten umfasst.
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