La flore de la réserve naturelle de Shipstern est en maints aspects unique pour le Belize. Shipstern est la seule région où l'on trouve des forêts saisonnières et sèches typiques de la Péninsule du Yucatan. Plus de 10 formations végétales ont été identifiées dans la réserve, au sein desquelles plusieurs douzaines d'espèces d'arbres ont été identifiées. La forêt côtière sèche à palmier Pseudophoenix ne se trouve, au Belize,qu’à Shipstern.
Il s’agit d’un type de végétation propre à la côte de la péninsule de Yucatan et très rare. On ne le trouve que dans trois régions entre Cancun (Mexique) et le Belize, où il est en déclin rapide à cause du développement touristique le long de la péninsule.
La forêt de Shipstern a été complètement détruite par l’ouragan Janet en 1955 et se trouve en pleine phase de régénération. Heureusement qu’il n’y a pas eu de dérangements importants. Pour plusieurs espèces d’arbres, la réserve représente un dernier refuge, car les effectifs d’espèces recherchées comme l’acajou et le cèdre espagnol ont été fortement diminués dans tout le pays. Mis à part le palmier Pseudophoenix rare, plusieurs autres espèces étonnantes peuvent être trouvées dans les régions sèches de la réserve, comme le gommier rouge et le «tuc tree».
Un vaste sentier botanique a été fait en 1990 avec presque 100 espèces d’arbres libellées aujourd’hui.
