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La palma espinoza Desmonchus schippii en el bosque semi-deciduo
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La Flora de La Reserva Natural de Shipstern es de diversos puntos de vista única para Belize. Es la unica región del país que cuenta con una época seca y húmeda en alternancia además del bosque seco típico de la Península de Yucatan. Más de diez tipos de vegetación son diferenciables en la reserva, con más de una docena de especies de árboles identificadas hasta hoy día. El muy único Bosque Costero Seco de Kuka-Palm encontrado en Belize se localiza en Shipstern. Este raro tipo de vegetación de la Península de Yucatán, encontrado únicamente en tres .áreas costeras entre Cancún (México) y Belize, está desapareciendo rápidamente a causa del desarrollo turístico a lo largo de toda la península.
El bosque de Shipstern fué completamente destruido en 1955 por el Huracán Janet y desde entonces un proceso de regeneración ha comenzado sin grandes alteraciones. Varias especies de arboles encuentran refugio en la Reserva; sin embargo, la tala de árboles, tanto legal como ilegal, ha disminuido la abundancia de estos de manera dramática junto con búsqueda de especies como como el Caoba (Swietenia macrophylla) y el Cedro (Cedrela odorata) por todo el país. Además de especies rarísimas como la Palmera-Kuka (Pseudophoenix s. sargentii), muchas otras especies más y no menos sorprendentes se encuentran en las zonas secas de la reserva, incluyendo la Chacah Purpura (Euphorbia schlechtendalii) y el Tuc (Nolina ameliae) Un exaustivo sendero botánico fué elaborado por primera vez en 1990, incluyendo una centena de especies de árboles identificados hasta la fecha.
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